Mittlerweile konnte ich auch die Ursache für das hier beschriebene Problem identifizieren: Das verwendete Video-Rohmaterial war in einer geringeren Auflösung vorhanden, als das Ausgabeformat. Beim Export im OGG Containerformat mit dem Theora Video Codec wird das Video skaliert, beim Export im WebM Format mit dem VP8 Codec wird anscheinend nicht skaliert, sondern das Video mit einem schwarzen Rahmen versehen.
Wenn das Zielformat keine höhere Auflösung besitzt als das Ausgangsformat, funktioniert es sehr gut:
Link zu einem Beispiel.